お探しのライトノベルは、2011年に富士見ファンタジア文庫から刊行された『烙印の紋章』（著：杉原智樹、イラスト：留我耶）か、もしくは2000年代後半にMF文庫Jから刊行された『ゼロの使い魔』のパターンのいずれか、あるいは一時期流行した「肌に術式や魔法陣を刻む（描く）」スタイルのバディものの可能性があります。

特に条件に近い代表的な作品をいくつかピックアップしましたので、記憶と一致するものがあるか確認してみてください。
可能性の高い作品一覧

『烙印の紋章』（富士見ファンタジア文庫 / 2011年〜）

『マグダラで眠れ』（電撃文庫 / 2012年〜）

『タブー・タトゥー』（※こちらはコミックですが2009年〜）

『機巧少女は傷つかない』（MF文庫J / 2009年〜）

『戦闘城塞マスラヲ』『レイパーズ・プレイ』（スニーカー文庫など / 2000年代）

こういうのこそ挙がっているようなAI回答がピッタリかもなぁ